深圳出入境检验检疫局是直属国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫机构，正厅级建制。1999年8月，按照国务院及中编办有关口岸管理体制改革的精神，深圳检验检疫局由原深圳卫生检疫局、动植物检疫局和进出口商品检验局合并组建而成。深圳检验检疫局内设办公室、法制与综合业务处、检务处、卫生检疫处、动物检验检疫处、植物检验检疫处、食品检验监督处、化矿与鉴定业务处、轻纺检验处、机电检验处、产地证签证处、科技处、认证监管处、人事处、财务处、机关党委办公室政工处、监察审计室、离退休干部处、稽查处、基建处等20个处室，下辖皇岗局1个（副厅级）分支局以及蛇口、文锦渡、罗湖、沙头角、盐田、宝安、龙岗、机场、笋岗、深圳湾等10个正处级分支局，出口加工区、驻邮局、福田保税区、华南国际物流中心等4个正处级办事处，以及动植物检验检疫技术中心、食品检验检疫技术中心、工业品检测技术中心、玩具检测技术中心、国际旅行卫生保健中心