国内外开展微生物检验的食品种类较多，食品分类方法也不尽相同。总的来看涉及微生物检验的食品种类主要有：奶制品、预烹煮食品、饮用水、蛋制品、水果、谷物、婴幼儿食品、肉及肉制品、软体动物、禽肉、贝类、白明胶、香草（药）、即食食品、罐头食品、调味品，粉类制品、豆制品、冷冻饮品、糖果、海鲜、甜点、蔬菜、藻类、食疗食品、米面制品等。
我国开展微生物检验的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
测试程序
（1）采集样品
采样前要了解所采样品的来源、加工、储藏、包装、运输等情况，采样时必须做到：使用的器械和容器需经灭菌，严格进行无菌操作；不得加防腐剂；液体样品应搅拌均匀后才去采样，固体样品应在不同部位采取以使样品具代表性；取样后及时送检。
国际食品微生物标准委员会(ICMSF)制定的食品微生物学分析采样方法，目前已在国内外被逐步推广采用。ICMSF根据以下原则来规定不同的采样数：①各种微生物本身对人的危害程度各有不同；②食品经不同条件处理后，其危害程度可分为3种情况：危害度降低；危害度未变；危害度增加。依据ICMSF采样方法规定，其中：n：指一批产品采样个数；c：指该批产品中检样菌数超过限量的检样数；m：指合格菌数限量；M：指附加条件后判定为合格的菌数限量。
（2）样品送检
采集好的样品应及时送到食品微生物检验室，一般不应超过3h，如果路程较远，可将不需冷冻的样品保持在1～5℃的环境中，勿使冻结，以免细菌遭受破坏。
样品送检时，必须认真填写申请单，以供检验人员参考。
检验人员接到送检单后，应立即登记，填写序号，并按检验要求，立即将样品放在冰箱或冰盒中，并积极准备条件进行检验。
（3）样品处理
样品处理应在无菌室内进行，若是冷冻样品必须事先在原容器中解冻，解冻温度为2～5℃不超过18h或45℃不超过15min。
a.固体样品
用无菌刀、剪或镊子称取不同部位的样品，剪碎放入灭菌容器内，加一定量的水混匀，制成1: 10混悬液，进行检验。在处理蛋制品时，加入约30个玻璃球，以便震荡均匀。生肉及内脏，先进行表面消毒，再剪去表面样品，采集深层样品。
b.液体样品
原包装样品用点燃的酒精棉球消毒瓶口，再用经石炭酸或来苏儿消毒液消过毒的纱布将瓶口盖住，用经火焰消毒的开关器开启。摇匀后用无菌吸管吸取；含有二氧化碳的液体食品，按上述方法开启瓶盖后，将样品倒入无菌磨口瓶中，盖上消毒纱布，将盖开一小缝，轻轻摇动，使气体逸出后进行检验；将冷冻食品放入无菌容器内，融化后检验。
c.罐头
罐头进行密闭试验、膨胀试验和检验。将被检验罐头置于85℃以上的水浴中，使罐头
沉入水面以下5 cm，观察5 min，如有小气泡连续上升，表面漏气；另外将罐头放在(37±2)℃环境下7d，如是水果、蔬菜罐头，放在20～25℃环境下7d，观察其盖和底有无膨胀现象。检验时，先用酒精棉球擦去罐上油污，然后用点燃的酒精棉球消毒开口的一端，用来苏儿消毒纱布盖上，再用灭菌的开罐器打开罐头，除去表层，用灭菌匙或吸管取出中间部分的样品进行检验。
（4）检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或国际标准，（如FAO标准、WHO标准等），或食品进口国的标准（如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等）。
食品卫生微生物检验室接到检验申请单，应立即登记，填写试验序号，并按检验要求立即将样品放在冰箱或冰盒中，积极准备条件进行检验。
一般阳性样品发出后3d（特殊情况可适当延长）方能处理样品；进口食品的阳性样品，需保存6个月方能处理。阴性样品可及时处理。
（5）结果报告
样品检验完毕后，检验人员应及时填写报告单，签名后送主管人核实签字，加盖单位印章，以示生效，并立即交给食品卫生监督人员处理